舰队编组是无尽的拉格朗日中决定战斗胜负的关键因素之一。一支合理的舰队需要兼顾前排抗伤、中后排输出以及功能性舰船的搭配，同时还要考虑指挥值分配和移动速度的协调。进入基地后选择舰队编组界面，可以看到一支舰队最多拥有300指挥值，升级到九级基地后可提升至400。舰船位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排，因此前排需要配置高防御或能抗能打的舰船，比如奇美拉重炮型或ST59。中后排则推荐选择高攻击舰船，如永恒风暴或卡利斯托鱼雷型，确保火力充足。
移动速度是很多玩家容易忽略的属性，但它直接影响舰队的机动性。舰队整体速度由最慢的舰船决定，比如太阳鲸或ST59的移速仅为250，会大幅拖慢舰队行动。编组高速舰队时，尽量避免加入龟速舰船，优先选择移速800以上的护卫舰或650左右的驱逐舰。如果目标是侧翼包夹，输出队的移速甚至比攻击属性更重要，因为高速舰队能更快形成包围，并直接攻击敌方中后排。增援指令可以临时加入5艘舰船，但要注意增援舰船的移速是否匹配，否则可能影响战术执行。
功能性舰船的编组需要根据战场情况灵活调整。防空类舰船，比如搭载防空战机的母舰，通常编入输出队以针对敌方航母。攻城舰船如云海或诺玛适合组成高速拆家队，专门破坏敌方建筑。维修船在前期对抗NPC时有一定作用，但中后期治疗量跟不上战斗节奏，普通玩家可以不优先编入主力。舰船的站位由蓝图定位决定，无法手动调整，因此选船时要提前查看舰船类型，避免出现输出舰被迫顶在前排的情况。
编组完成后，可以在蓝图界面调整技术值加点，比如前排舰船优先点护甲和闪避，输出舰船强化伤害和命中。出征后还能用增援指令补充舰船，但要注意指挥值限制。合理的编组需要多次实战测试，根据对手阵容和战场环境不断优化，才能打造出真正高效的舰队。
