舰队合并是提升战斗力和资源管理效率的重要手段，但操作不当可能导致资源浪费或战力失衡。首先需明确合并目的，是为了集中火力攻坚，还是优化资源采集效率。不同目标直接影响舰队编组策略，例如战斗舰队需优先考虑舰船站位与火力搭配，而工程舰队则需侧重载重与采集效率。合并前务必核对舰船类型与功能，避免将低速战列舰与高速驱逐舰混编导致机动性下降。
合并时需特别注意指挥值分配，过度集中高消耗舰船可能导致其他舰队指挥值不足。合理利用增援功能可突破单支舰队的指挥值限制，但需注意增援后航行速度会以最慢舰船为准。舰船维修成本与时间成本需提前计算，尤其是战列舰等大型舰艇维修耗时较长，在频繁作战的星系中可能影响持续作战能力。合并后的舰队应保留至少一艘侦察舰或高速护卫舰，便于执行紧急侦查或撤离任务。
舰船站位是合并时最易忽视的关键细节。前排应部署防御型舰船吸收伤害，中后排安排输出与支援舰船。载机舰船需根据敌方防空强度决定是否编入，避免舰载机被大量击落造成资源浪费。合并后的舰队需进行实战测试，观察不同阵型下舰船损毁比例，及时调整舰种搭配。若合并目的是攻城，务必配备至少一艘带有攻城加成的舰船，否则可能因输出类型单一而延长作战时间。
工程舰合并虽能提升采集效率，但会占用更多计划圈，在资源点分散的星系中反而降低效率。建议在矿区密集区域采用合并采集，反之则分散行动。战斗舰队合并后需同步调整资源生产比例，确保金属、晶体与重氢的消耗均衡。定期检查舰队中低级舰船的淘汰进度，及时用高级舰船替换以维持战力，但需避免一次性更换导致资源链断裂。
在大型攻城或防守战中，合并舰队需与同盟成员统一行动时间，避免因时差导致支援延迟。共享舰队配置方案可提升同盟整体效率，但需注意保密性以防战术泄露。合并后的超规模舰队可能成为敌方重点打击目标，因此要随时准备拆分舰队以应对突发战况。通过持续优化合并策略，能在资源消耗与战斗效能间找到最佳平衡点。
